战双帕弥什的故事背景设定在一个科技高度发达的未来世界。在这个世界中，人类通过聚变技术实现了高度联合和飞速发展，建造了一艘名为“伊甸级空中花园”的超光速宇宙移民舰。人类对科技的过度追求触犯了象征“惩罚”的禁忌，导致了一种名为“帕弥什”的病毒突然爆发。
帕弥什病毒具有破坏生物细胞和操纵机械的能力。病毒迅速蔓延，感染了人类和机械，使得被感染的狂暴机器取代了人类。在一百年的时间里，人类文明几乎被彻底瓦解，幸存者流亡深空，地球表面则被无数游荡的机械感染体所占据。
为了对抗帕弥什病毒和感染体，人类创造了一种名为“构造体”的仿生体。构造体拥有机器结构和强大的战斗能力，它们是人类最后的希望。玩家在游戏中将扮演首席指挥官，带领构造体队伍，执行各种任务，夺回地球。
故事伊始，灰鸦小队队长露西亚在废墟中醒来。她带领着小队成员，为了夺回地球，不惜一切代价完成任务。灰鸦小队是一支精英队伍，成员包括露西亚、卡列尼娜、渡边和比安卡等，每个人都有着独特的背景故事和战斗技巧。
露西亚：灰鸦小队队长，编号BPL-01，作为黎明计划第一批次而出生的构造体之一。她性格冷静，经过无数次清理记忆的重启，获得了现在的强大能力。露西亚为了夺回地球，会不惜一切代价完成任务。
卡列尼娜：BPE-72，清理部队成员，与露西亚有着特殊的过去。她对露西亚有着莫名的执着，只要是挡在自己面前的东西，无论是感染体还是构造体，都会用大炮灭掉。
渡边：BPO-29，叛逃构造体，性格沉稳。他脱离执行者部队后，加入了地上的幸存者和构造体的共同组织遗忘者，以建立理想的乌托邦为目标。
比安卡：BPO-87，清理部队队长，擅长使用远程狙击。她为了防止逃兵，会射杀所有逃走的构造体，直到战争结束。
在经历了漫长的流亡后，人类决定重返地球。玩家将带领构造体队伍，与灰鸦小队并肩作战，对抗帕弥什病毒和感染体。在这场拯救地球的征程中，玩家需要灵活制定作战策略，触发不同的技能招式，发挥团结的力量，最终击败超级BOSS，书写最完美的结局。
战双帕弥什的故事背景设定在一个充满科技与魔法的末世世界。在这个世界中，人类面临着前所未有的挑战。玩家将扮演指挥官，带领构造体队伍，执行各种任务，夺回地球。这是一场关乎人类存亡的战斗，也是一场关于勇气、信念和牺牲的征程。
